หกปีหลังจากเหตุการณ์ในตอนจบซีรีส์ The X-Files อดีตเจ้าหน้าที่เอฟบีไอ ด็อกเตอร์ ดาน่า สกัลลี เป็นแพทย์ประจำที่ Our Lady of Sorrows โรงพยาบาลคาทอลิก และดูแลเด็กชายที่ชื่อคริสเตียนที่ป่วยด้วยโรค Sandhoff ซึ่งเป็นภาวะสมองระยะสุดท้าย ดรัมมี เจ้าหน้าที่เอฟบีไอมาถึงเพื่อขอความช่วยเหลือจากสกัลลีในการตามหาฟอกซ์ มัลเดอร์ อดีตหัวหน้าแผนก X-Files ลี้ภัย และบอกว่าพวกเขาจะยุติการตามล่าหาเขา ถ้าเขาจะช่วยสืบสวนการหายตัวไปของผู้หญิงหลายคน รวมถึงโมนิกาสาว เจ้าหน้าที่เอฟบีไอ บานัน. มัลเดอร์และสกัลลีถูกเอฟบีไอเรียกให้กลับไปปฏิบัติหน้าที่เมื่ออดีตบาทหลวงอ้างว่าได้รับนิมิตทางจิตที่เกี่ยวข้องกับสายลับที่ถูกลักพาตัว
Six years after the events of The X-Files series finale, former FBI agent Doctor Dana Scully is now a staff physician at Our Lady of Sorrows, a Catholic hospital, and treating a boy named Christian who has Sandhoff disease, a terminal brain condition. FBI agent Drummy arrives to ask Scully’s help in locating Fox Mulder, the fugitive former head of the X-Files division, and says they will call off its manhunt for him if he will help investigate the disappearances of several women, including young FBI agent Monica Banan. Mulder and Scully are called back to duty by the FBI when a former priest claims to be receiving psychic visions pertaining to a kidnapped agent.